好氧菌通過自身的生命活動——氧化、還原、合成等過程，把一部分被吸收有機物氧化成簡單的無機物，并釋放出好氧菌生長、活動所需要的能量，而把另一部分有機物轉化為生物體所必需的營養物質，組成新的細胞物質，于是好氧菌逐漸生長繁殖，產生更多的好氧菌。其它微生物攝取營養后，在它們體內也發生相同的生物化學反應。
通過好氧菌好氧處理，污水中一部分有機物被無機化，一部分有機物則被合成為微生物好氧菌的細胞物質。當污水水有機物較多時（超過微生物生活所需時），合成部分增大，微生物好氧菌總量增加較快；當污水中有機物不足時，一部分微生物就會因饑餓而死亡，它們的尸體將成為另一部分微生物好氧菌的“食料”,微生物的總量將減少。微生物好氧菌的細胞物質雖然也是有機物質，但微生物是以懸浮的狀態存在于水中的，相對地說，個體比較大，也比較容易凝聚，可以同污水中的其它一些物質（包括一些被吸附的有機物和某些無機的氧化產物以及菌體的排泄物等）通過物理凝聚作用在沉淀池中一起沉淀下來。
